군사법원은 군인의 범죄와 군 기강을 전담하는 전문 법원으로, 각국의 운용 방식과 역사적 배경이 달라 군사기밀 보호와 전시 대응 등 군의 특수성을 고려해 별도의 절차를 운영한다. '군사재판(court-martial)'은 군 내부 규율 위반을 심판하는 절차를 의미하며, 군형법·군사법원법 등 별도 법률이 적용되어 일반 형사재판과 제도적 차이가 있다. 예컨대 재판 구성원, 심리 방식, 보안 유지와 증거 처리에서 차이가 나타나며 전체 형사사건 중 극소수만 군사법원에서 다루어진다.

절차상의 차이는 구속·수사 권한, 증인 보호, 군사전문가 증언 활용 등에서 분명하고, 피고인도 변호와 항소권을 갖지만 군사보안과 충돌할 수 있어 권리 보장에 주의가 필요하다. 국제 인권 기준은 민간적 절차 보장을 강조하며 일부 국가는 민간법원 이첩 규정을 두어 중대한 사건을 이관하기도 한다. 실제 사례로는 전시·훈련 중 발생한 안전사고, 권력 남용 혐의, 탈영 사건 등이 군사법원 관할로 신속히 처리되는 경우가 많다.

최근 논쟁은 투명성·독립성 확보에 집중되며, 감사·외부 감독 강화와 민간법원과의 역할 분담이 주요 개혁 쟁점이다. 전문성 유지는 군사 질서에 중요하지만 인권 보호와 공정한 재판 보장이 병행되어야 군과 사회의 신뢰가 유지된다. 군사법원의 역할과 한계를 이해하면 안전과 자유 사이 균형을 보다 명확히 판단할 수 있다.